輸出結(jié)果文件

mobivision atac默認(rèn)輸出結(jié)果文件如下，總計(jì)27個(gè)文件，其中SAMPLEID_out文件為軟件自動(dòng)生成，無需用戶指定：

1._flagdone為運(yùn)行成功的flag文件

2.logs為運(yùn)行日志文件夾

3.run_analysis_cmds.txt是完整命令行記錄

4.SAMPLEID_out是輸出結(jié)果文件根目錄

5.filtered_cell_fragments_matrix是過濾后的細(xì)胞-片段矩陣文件根目錄

6.filtered_cell_peaks_matrix是過濾后的細(xì)胞-peak矩陣文件根目錄

7.SAMPLEID.bam是比對(duì)結(jié)果文件

8.SAMPLEID.bw是比對(duì)結(jié)果可視化文件

9.SAMPLEID.filtered.bed.gz是去重并過濾后的片段文件

10.SAMPLEID_Report.html是html格式的質(zhì)控報(bào)告

11.AMPLEID_Report.json是json格式的質(zhì)控報(bào)告

12.summary.csv是csv格式的文庫信息

13.raw_cell_peaks_matrix是未過濾的細(xì)胞-peak矩陣文件根目錄

14.fragmentsInCells.tsv.gz為過濾細(xì)胞后所得的片段文件

15.fragmentsInCells.tsv.gz.tbi為過濾細(xì)胞后所得的片段文件的索引文件

16.fragmentsInPeaks.tsv.gz

17.fragmentsInPeaks.tsv.gz.tbi

18.SAMPLEID.narrowPeak/broadPeak為全文庫peak文件

19.peaks_annotation.tsv.gz為檢查到的peak的注釋信息

20.statistics.all.csv為質(zhì)控結(jié)果信息文件

質(zhì)控報(bào)告釋義

mobivision atac分析完成后，會(huì)生成一html質(zhì)控報(bào)告，報(bào)告分為6個(gè)板塊；

01 Overview

樣本欄包含以下信息：

sample ID：樣本名稱

Reference：參考基因組名稱

Library：文庫名稱

Pipeline Version：分析軟件版本

02 Cells

Cells欄左圖為Barcode Rank Plot，右側(cè)為細(xì)胞相關(guān)指標(biāo)，內(nèi)容與overview欄目一致。該報(bào)告通過統(tǒng)計(jì)每個(gè)細(xì)胞標(biāo)簽對(duì)應(yīng)的有效片段數(shù)目，并將細(xì)胞標(biāo)簽按照有效片段數(shù)目由高到低排序，獲得細(xì)胞標(biāo)簽序號(hào)。例如有效片段數(shù)目最多的細(xì)胞標(biāo)簽，序號(hào)為1，以此類推。以細(xì)胞標(biāo)簽序號(hào)作為x軸橫坐標(biāo)，用對(duì)應(yīng)細(xì)胞標(biāo)簽的有效片段數(shù)目作為y軸縱坐標(biāo)，作圖，得到Barcode Rank Plot。用戶也可通過點(diǎn)擊對(duì)應(yīng)欄目的右上角問號(hào)，獲得更為詳細(xì)的help信息（其他欄目也相同），如下：

03 Mapping

Mapping欄左圖為片段長(zhǎng)度分布圖，橫坐標(biāo)為文庫中片段的長(zhǎng)度，縱坐標(biāo)為片段的數(shù)目，整體展示了不同長(zhǎng)度的插入DNA片段分布。Mapping欄右側(cè)為文庫的比對(duì)信息。

04 Targeting

Targeting欄左圖為Peaks Targeting Plot，圖中一個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)細(xì)胞標(biāo)簽。x-軸代表每個(gè)細(xì)胞標(biāo)簽標(biāo)記到的片段數(shù)，y-軸表示每個(gè)細(xì)胞標(biāo)簽中，與峰重合的片段的占比?！?xì)胞’與‘非細(xì)胞’分別用不同的顏色表示。Targeting欄右側(cè)為文庫中檢測(cè)到的峰的信息。

05 Sequencing

Sequencing欄左圖為文庫復(fù)雜性曲線圖 Library Complexity Plot，該圖展示了此文庫在不同測(cè)序深度下（通過隨機(jī)降低取樣獲得）平均每個(gè)細(xì)胞檢測(cè)到的片段數(shù)目。當(dāng)文庫中所有片段均被檢測(cè)到時(shí)，單個(gè)細(xì)胞的片段數(shù)將不再隨著測(cè)序深度的增加而升高。右側(cè)為文庫信息結(jié)果。

06 t-SNE Projection

t-SNE Projection欄左圖為有效片段數(shù)t-SNE圖，該圖展示了單個(gè)細(xì)胞中的有效片段數(shù)量。X、Y軸分別對(duì)應(yīng)由t-SNE算法產(chǎn)生的二維嵌入坐標(biāo)。一個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)細(xì)胞，細(xì)胞含有的有效片段越多，表明該細(xì)胞檢測(cè)到的ATAC信號(hào)越多。右圖為分群聚類t-SNE圖，該圖展示了通過細(xì)胞聚類算法計(jì)算得到的細(xì)胞分布情況。一個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)細(xì)胞，點(diǎn)之間顏色越接近，表明其代表的細(xì)胞之間的ATAC信號(hào)圖譜越相似。