輸出結果文件

mobivision chip默認輸出結果文件如下，總計25個文件，其中SAMPLEID_out文件為軟件自動生成，無需用戶指定：

1._flagdone為運行成功的flag文件

2.logs為運行日志文件夾

3.run_analysis_cmds.txt是完整命令行記錄

4.SAMPLEID_out是輸出結果文件根目錄

5.filtered_cell_fragments_matrix是過濾后的細胞-片段矩陣文件根目錄

6.filtered_cell_peaks_matrix是過濾后的細胞-peak矩陣文件根目錄

7.SAMPLEID.bam是比對結果文件

8.SAMPLEID.bw是比對結果可視化文件

9.SAMPLEID.filtered.bed.gz是去重并過濾后的片段文件

10.SAMPLEID_Report.html是html格式的質控報告

11.AMPLEID_Report.json是json格式的質控報告

12.summary.csv是csv格式的文庫信息

13.raw_cell_peaks_matrix是未過濾的細胞-peak矩陣文件根目錄

14.fragmentsInCells.tsv.gz為過濾細胞后所得的片段文件

15.fragmentsInCells.tsv.gz.tbi為過濾細胞后所得的片段文件的索引文件

16.SAMPLEID.narrowPeak/broadPeak為全文庫peak文件

17.peaks_annotation.tsv.gz為檢查到的peak的注釋信息

18.statistics.all.csv為質控結果信息文件

質控報告釋義

mobivision chip分析完成后，會生成一html質控報告，報告分為6個板塊；

01 Overview

樣本欄包含以下信息：

sample ID：樣本名稱

Reference：參考基因組名稱

Library：文庫名稱+抗體名稱

Pipeline Version：分析軟件版本

02 Cells

Cells欄左圖為Barcode Rank Plot，右側為細胞相關指標，內(nèi)容與overview欄目一致。該報告通過統(tǒng)計每個細胞標簽對應的有效片段數(shù)目，并將細胞標簽按照有效片段數(shù)目由高到低排序，獲得細胞標簽序號。例如有效片段數(shù)目最多的細胞標簽，序號為1，以此類推。以細胞標簽序號作為x軸橫坐標，用對應細胞標簽的有效片段數(shù)目作為y軸縱坐標，作圖，得到Barcode Rank Plot。用戶也可通過點擊對應欄目的右上角問號，獲得更為詳細的help信息（其他欄目也相同），如下：

03 Mapping

Mapping欄左圖為片段長度分布圖，橫坐標為文庫中片段的長度，縱坐標為片段的數(shù)目，整體展示了不同長度的插入DNA片段分布。Mapping欄右側為文庫的比對信息。

04 Targeting

Targeting欄左圖為Peaks Targeting Plot，圖中一個點代表一個細胞標簽。x-軸代表每個細胞標簽標記到的片段數(shù)，y-軸表示每個細胞標簽中，與峰重合的片段的占比?！毎c‘非細胞’分別用不同的顏色表示。Targeting欄右側為文庫中檢測到的峰的信息。

05 Sequencing

Sequencing欄左圖為文庫復雜性曲線圖 Library Complexity Plot，該圖展示了此文庫在不同測序深度下（通過隨機降低取樣獲得）平均每個細胞檢測到的片段數(shù)目。當文庫中所有片段均被檢測到時，單個細胞的片段數(shù)將不再隨著測序深度的增加而升高。右側為文庫信息結果。

06 t-SNE Projection

t-SNE Projection欄左圖為有效片段數(shù)t-SNE圖，該圖展示了單個細胞中的有效片段數(shù)量。X、Y軸分別對應由t-SNE算法產(chǎn)生的二維嵌入坐標。一個點代表一個細胞，細胞含有的有效片段越多，表明該細胞檢測到的ChIP信號越多。右圖為分群聚類t-SNE圖，該圖展示了通過細胞聚類算法計算得到的細胞分布情況。一個點代表一個細胞，點之間顏色越接近，表明其代表的細胞之間的ChIP信號圖譜越相似。